Марчук принимал участие в президентских выборах 1999 года, которые выиграл Кучма. На финальной стадии предвыборной кампании, в ноябре 1999 года, Кучма назначил Марчука Секретарем Совета национальной безопасности и обороны Украины. В 2003 году он получил пост министра обороны, сообщает сайт Подробности

Как сообщалось, Кучма обвиняется в том, что он дал Юрию Кравченко указание выкрасть Георгия Гонгадзе, вывезти его за пределы Киева и «применить к нему психическое и физическое влияние как с целью мести за его критическую журналистскую деятельность, так и с целью ее прекращения».